А.А. Кокошин является автором более 200 научных трудов и учебников по вопросам международных отношений, проблемам международной безопасности, вопросам разработки военной стратегии. Многие его работы переведены на иностранные языки и опубликованы в США, Китае, Великобритании, Германии, Франции, Индии, Японии и других странах. Основными среди них являются следующие:
• Россия и международная безопасность в космосе. / Отв. ред. А.А.Кокошин, А.Д. Богатуров. — М., 2012.
• Вопросы долгосрочного развития Восточной Сибири и российского Дальнего Востока в контексте глобальной политической и экономической динамики. – М., 2012.
• Размышления о Карибском кризисе в контексте проблемы стратегической стабильности. – М., 2012.
• Reflections on the Cuban Missile Crisis in the Context of Strategic Stability. Discussion Paper – Belfer Center for Science and International Affairs, John F. Kennedy School of Government, Harvard University, 2012.
• Insuring Strategic Stability in the Past and Present: Theoretical and Applied Questions. – Belfer Center for Science and International Affairs, Harvard Kennedy School, 2011. • Проблемы обеспечения стратегической стабильности: теоретические и прикладные вопросы. – М., 2011.
• Технократия, технократы и неотехнократы. – М., 2009.
• Инновационные вооруженные силы и революция в военном деле: Краткий очерк. – М., 2009.
• Обеспечение стратегической стабильности в прошлом и настоящем. – М., 2008.
• О системном и ментальном подходах к мирополитическим исследованиям: Краткий очерк. Изд.2-е, испр. и доп. – М., 2008.
• Россия в формировании международной системы профилактики распространения оружия массового поражения. / Отв. ред. А.А. Кокошин, А.Д. Богатуров. — М., 2008.
• Размышления о технократии и технократах. – М., 2008.
• Очерк политики как феномена общественной жизни: Ее внутригосударственные и международные измерения, взаимоотношения с идеологией, наукой, разведкой. Изд. 2-е, испр. и доп. – М., 2008.
• О стратегическом планировании в политике. – М., 2007.
• Nuclear Conflict in the Twenty-First Century. – Cambridge (Mass.), 2007.
• Реальный суверенитет в современной мирополитической системе. – М., 2006.
• О системно-структурном и ментальном подходах к мирополитическим исследованиям. – М., 2006.
• Международная энергетическая безопасность. – М., 2006.
• Политология и социология военной стратегии. – М., 2005.
• Стратегическое управление в военной сфере. Хрестоматия Составитель и автор предисловия - академик РАН, профессор А.А. Кокошин. – М., 2005.
• Мировая политика: теория, методология, прикладной анализ. А.А.Кокошин, А.Д. Богатуров (отв. ред.). – М., 2005.
• Стратегическое управление: теория, исторический опыт, сравнительный анализ, задачи для России. – М., 2003 (издана также в КНР в 2005).
• Ядерные конфликты в XXI веке. – М., 2003.
• Промышленная политика и национальная безопасность (в соавт.). – М., 2001.
• Путь России в глобальную экономику. – М., 1999.
• Soviet Strategic Thought. 1917-1991. – Cambridge (Mass.) – London, 1998.
• Военно-морской флот России. Из юбилейного трехсотого – взгляд в прошлое и будущее. – М., 1997.
• Армия и политика: эволюция советской военно-политической и военно-стратегической мысли, 1918–1991 годы. – М., 1995.
• В поисках выхода: военно-политические аспекты международной безопасности. – М., 1989.
• Серые кардиналы Белого дома (в соавт.). – М.,1986.
• Братья Кеннеди (в соавт.). – М., 1985.
• США в системе международных отношений 80-х годов. – М., 1984.
• США – за фасадом глобальной политики. – М., 1981.
• США: информация и внешняя политика (в соавт.). – М. 1979.
• Прогнозирование и политика. – М., 1975.
